El software de Firewall que ud podría estar usando en su PC o windows, puede prevenir que su FTP funciones correctamente. Los sintomas es que usted sube 1 o 2 archivos y se desconecta con error de "time out" junto a otros problemas extraños, esto se nota mucho más cuando se usa el FTP que viene incluido en Dreamweaver de Adobe.
Para prevenir que esto suceda, Apage su firewall completamente cuando este subiendo su página o suando FTP. Si esto no es aceptable ud deberá asegurarse que el puerto 21 este abrierto y en conexiones pasivas permitir la conexión en los puertos 2000-2010
Tambien puede deberse a que los servidores FTP normalmente estan programados para cortar una conexión si la misma se encuentra inactiva por mas de 15 minutos.